阶段3：体系审核：体系认证机构指派审核组对申请的质量体系进行文件审查和现场审核。文件审查的目的主要是审查申请者提交的质量手册的规定是否满足所申请的质量保证标准的要求，当文件审查通过后方可进行现场审核，现场审核的主要目的是通过收集客观证据检查评定质量体系的运行与质量文件的规定是否一致，证实其符合质量保证标准要求的程度，给出审核结论，向体系认证机构提交审核报告。

对新成立的公司或搬迁后的公司，外审分为二个阶段进行，每次审核发现的问题，企业必须高度重视且积极整改。

 阶段4：审批发证。体系认证机构审查审核组提交的审核报告，对符合规定要求的批准认证，向申请者颁发体系认证证书，证书有效期3年；对不符合规定要求的也书面通知申请者，证书官网可查。

阶段5：监督管理：ISO 9000认证体系对获得认证后的监督管理也非常重视，如证书持有者改变其认证审核时的质量体系，须及时将更改情况报告给认证机构，由体系认证机构根据具体情况决定是否重新评定，同时，体系认证机构对证书持有者的质量体系每年至少进行一次监督审核，以确保其质量体系得以继续保持。